第一任
主任：翁独健 副主任：邓锐龄
翁独健
任职时间：（1983—1986）
原名翁贤华，男，汉族，研究员、博士生导师。先后就读于燕京大学历史系、研究院和美国哈佛大学、获博士学位。在巴黎师从著名学者伯希和学习波斯、阿拉伯、土耳其等语言。曾在云南大学、燕京大学等校任教。历任全国政协第三、四、五、六届委员，燕京大学代理校长，北京市教育局局长、国家民族事务委员会委员、中国社会科学院民族研究所研究员、副所长、顾问。1983--1986年担任中国社会科学院中国边疆史地研究中心第一任主任。
第二任
主任：吕一燃 副主任：马大正
吕一燃
任职时间：（1986—1994）
男，汉族，研究员。毕业于北京大学历史系、曾就职于中国社会科学院近代史研究所。1987--1994年任中国社会科学院边疆史地研究中心主任。获国务院颁发政府特殊津贴。
第三任
主任：马大正 副主任：安 京、厉 声
马大正
任职时间：（1994—2001）
男，汉族，研究员、博士生导师。毕业于山东大学历史系，曾就职于中国社会科学院民族研究所。现任中国社会科学院学术委员会委员、获国务院颁发政府特殊津贴。1987--2001年间历任中国社会科学院中国边疆史地研究中心副主任、主任。
第四任
主任：厉 声 副主任：李国强
厉声
任职时间：（2001—2012）
男，汉族，研究员。毕业于西北大学历史系，获硕士学位。曾就职于新疆大学历史系。1998--2001年任中国边疆史地研究中心副主任。2001年起任中心主任、研究员、获国务院颁发政府特殊津贴。
第五任
主任：邢广程 副主任：李大路
邢广程
任职时间：（2012—2025）
法学博士，第十四届全国人大代表、外事委员会委员，中国社会科学院学部委员、一级研究员。中国社会科学院中国边疆研究所（中国历史研究院中国边疆研究所）原所长，博士后合作导师。中国社会科学院大学历史学院中国边疆历史系教授、博士研究生导师。
