| 编号 | 课题名称 | 课题种类 | 主持人 | 起止时间 |
| 1 | 清末东北新政研究——以近代中国民族国家构筑为视角 | 高 月 | 2009年 | |
| 2 | 清末新政与近代中国蒙新藏边疆政治变迁——基于近代民族国家构建的视角 | 冯建勇 | 2009年 | |
| 3 | 人口流动与乌鲁木齐民族分布格局的形成（1753-1949） | 贾建飞 | 2009年 | |
| 4 | 明代海防思想研究 | 刘清涛 | 2009年 | |
| 5 | 《中国边疆研究数据库》数据迁移及数据标注 | 白 妍 | 2009年 | |
| 6 | 清末边疆建省研究 | | 阿地力 | 2009年 |
| 7 | 清代新疆治理和卓研究 | 周卫平 | 2009年 | |
| 8 | 中印分界东段两边社会经济发展对比研究 | 委托课题 | 厉 声 | 2009年 |
| 9 | 十三世达赖喇嘛年谱 | 房建昌 | 2009年 | |
| 10 | 基层党建与边疆地区的稳定发展调研 | 邢广程 | 2010年 | |
| 11 | 简明西藏历史地名词典（附地图） | 房建昌 | 2010年 | |
| 12 | 维吾尔族在中国历史中的贡献 | 阿迪力 | 2010年 | |
| 13 | 清代新疆的汉族移民与汉文化在新疆的传播 | 贾建飞 | 2010年 | |
| 14 | 陆兴祺与西藏治理研究 | 孙宏年 | 2010年 | |
| 15 | 清廷对蒙古准格尔部的统合 | 吕文利 | 2010年 | |
| 16 | 《中国边疆研究文库》的编辑与出版 | 李大龙 | 2010年 | |
| 17 | 当代中国边疆社会经济发展与边疆研究前沿报告（2010年） | 于逢春 | 2010年 | |
| 18 | 2001年以来藏独组织分裂活动境外档案资料汇编 | 张永攀 | 2010年 | |
| 19 | 清代蒙古地区行政建制变迁研究述评 | 毕奥南 | 2010年 | |
| 20 | 边疆中心科研管理模式与途径 | 李大路 | 2010年 |
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