第一任 （1983——1986）主任：翁独健　副主任：邓锐龄
第二任 （1986——1994）主任：吕一燃　副主任：马大正
第三任 （1994——2001）主任：马大正　副主任：安　京（1997——1998）

                                                                              厉　声（1998——2001）
第四任 （2001——2012）主任：厉　声　副主任：李国强（2003——2012）
第五任 （2012——　　） 主任：邢广程　副主任：李大路（2012——2019）

翁独健(1906--1986):
        原名翁贤华，男，汉族，研究员、博士生导师。先后就读于燕京大学历史系、研究院和美国哈佛大学、获博士学位。在巴黎师从著名学者伯希和学习波斯、阿拉伯、土耳其等语言。曾在云南大学、燕京大学等校任教。历任全国政协第三、四、五、六届委员，燕京大学代理校长，北京市教育局局长、国家民族事务委员会委员、中国社会科学院民族研究所研究员、副所长、顾问。1983--1986年担任中国社会科学院中国边疆史地研究中心第一任主任。

吕一燃(1929--　　)：

        男，汉族，研究员。毕业于北京大  学历史系、曾就职于中国社会科学院近代史研究所。1987--1994年任中国社会科学院边疆史地研究中心主任。获国务院颁发政府特殊津贴。

马大正(1938--　　)：

        男，汉族，研究员、博士生导师。毕业于山东大学历史系，曾就职于中国社会科学院民族研究所。现任中国社会科学院学术委员会委员、获国务院颁发政府特殊津贴。1987--2001年间历任中国社会科学院中国边疆史地研究中心副主任、主任。

厉　声(1949--　　)：

        男，汉族，研究员。毕业于西北大学历史系，获硕士学位。曾就职于新疆大学历史系。1998--2001年任中国边疆史地研究中心副主任。2001年起任中心主任、研究员、获国务院颁发政府特殊津贴。

邢广程(1961--　　)：

        男，汉族，研究员、博士生导师。毕业于中国社会科学院研究生院，获法学博士学位。2000年获国务院颁发政府特殊津贴。1998-2009年间历任曾任俄罗斯东欧中亚研究所副所长、党委书记兼所长。2009--2012年任中国边疆史地研究中心党委(临)书记、副主任。2012年8月任中国社会科学院中国边疆史地研究中心主任。