西南边疆研究室是边疆所专门从事中国西南边疆及其周边国家边疆相关事项研究的学术机构。其主要职能包括：从事西南边疆的历史与现状研究；关注南亚、东南亚以及中国西南边疆的最新形势，对相关重要问题进行深入研究并提出政策建议；发挥智库功能，承担西南边疆领域的中央有关部门以及院、所的交办任务；接受各部委和地方政府的委托研究任务以及学术咨询；组织和参与有关西南边疆领域的学术活动，推动学术交流；承担相关领域的研究生培养工作。