东北边疆研究室原合署于东北与北部边疆研究室，2019年分立。 

　　职能：主要从事东北边疆历史与现实问题研究。在加强相关基础研究的同时，承担中央有关部门以及院、所交办的有关东北边疆的研究任务，接受各部委和地方政府的委托研究任务以及学术咨询，并提出政策建议。重点开展汉唐东北边疆史，近代东北边疆史，东北亚周边国际环境与东北边疆安全、稳定、发展，东北边疆发展战略与实践等方面研究；开展东北边疆研究资料数据库平台建设，拥有国内领先的东北边疆历史研究资料数据库；与东北地区有关学术机构、高等院校共建国情调研基地、学术研究平台和智库平台；承担研究生培养工作。