边疆所科研处在所党委的领导下，以服务科研为宗旨，统筹协调全所科研工作以及创新工程计划的制定与实施，负责智库管理、课题管理、学术交流、外事管理、研究生培养、学术档案管理等工作。智库管理工作包括：新疆智库、海疆智库、有关非实体研究中心以及学术社团的协调管理工作。课题管理工作包括各类课题的立项、检查、结项、成果统计和评估工作。学术交流工作包括：组织国内外学术交流会议，定期举办学术论坛，发布学术信息、召开学术成果的宣传、发布会等。外事管理包括：所内人员学术出访项目的审批工作；海外学者来访的接待工作；国际合作课题申报审批工作；开展与国外学术机构的友好往来，寻求合作。研究生培养工作包括：中国边疆历史系硕士研究生和博士研究生的培养；国内外学者来所进修的组织工作。学术档案工作包括：边疆所学术成果档案、学术交流档案、学者档案等。