一、清代新疆史的来龙去脉
19世纪以来，英国与沙皇俄国的殖民者开始不断向中国边疆渗透，在这个过程中，地处欧亚大陆中心地区的新疆首当其冲，不断遭到列强的蚕食。在边疆危机的冲击下，当时的一些有识之士开始关注新疆的历史、地理、人文，把自己对新疆的认识、研究、感悟，通过纪闻、考察、测绘的手段记载和流传下来，这成为后来“西北史地学”的滥觞。西北史地学奠定了历史地理学在新疆研究中的基础，不仅改变了当时人们对距离内地道路窎远的新疆的看法，也成为现代学者窥视当时边疆形势的重要资料来源。这些研究具有特别浓厚的“经世致用”的特点，是民国时期盛行一时的“西北考察热”的先声。
20世纪90年代以来，清代新疆史研究进入了一个空前的繁荣期，成绩斐然，分为两大块：一个是在基础理论研究上不断出现精品力作，一个是及时地回答了各种关于现代新疆治理的时代之问，也对于新疆现实问题的解决提供了诸多借鉴。所以，清代新疆史是基础理论研究与应用对策研究相结合的一个典型范例。研究清代新疆史要具备“纵”与“横”两个方面的视野。从“纵”的方面说，可以从史前时期开始，研究历朝历代在新疆的管辖、治理与开发；从“横”的方面看，清代新疆是“大一统”的国家格局与时代格局演进和发展中的一环，清代新疆史的方方面面都带有时代赋予的这个特色，这是进行具体研究时要时刻牢记的。
二、清代新疆社会经济史研究
历代中原王朝为了配合驻军守土，多在边疆地区实施屯田，清朝在新疆的开发举措不仅延续了这个传统，而且规模和所取得的成就远远超越了前代。清代新疆的开发不仅表现为多种形式并举的农业屯垦，还涉及畜牧业、工矿业、商业等经济活动，开发范围覆盖全疆。新疆开发的参与者，既有来自内地的各类移民，也有当地的维吾尔人、哈萨克人、蒙古人等。各种形式的经济活动的有序开展，无疑反映了清朝统治者经营新疆和治理新疆的基本方略，研究者必须结合起来进行多层面的考察，方能形成全面的、完整的、动态的认识。
清朝统一新疆后，内地与新疆之间高频率、大规模的人口流动，是推动新疆地区社会面貌不断发生变化的重要动力，反过来也影响了内地的历史进程。考察清代新疆史，既要关注当地土著居民的生存状况与社会演变，也要关注外来移入人群在新疆的活动和融入过程，以及随之带来的社会变迁，二者缺一不可。从乾隆朝开始，清代人口的向西流动以多种形式出现，初期多为由国家组织下的有计划、大规模迁移，而发展到一定阶段后，则更多地表现为民间自发性的流移。西向迁移人群的民族性、地域性十分多样，包括了满蒙八旗和锡伯、察哈尔、索伦、厄鲁特四营兵，以及绿营兵，还有被统称为“民人”的内地各省的汉族和回族移民。在这个移民潮中，还伴随着疆内的局域性流动，如维吾尔人迁移至北疆形成了伊犁回屯。各种人群的不断地移出与移入过程，族群性身份与认同在移入地社会的融入等，都对后来新疆社会的人文面貌产生了影响。
清代内地人口向边疆的流动，主体无疑是从事农业生存的汉族，以致于研究者往往将内地移民等同于汉族农民，形成“内地移民=汉族移民”的固有思维模式，其实这种看法不完全符合历史事实。就流向新疆的人口而言，移民中还包含了大量在宗教信仰和生活习俗上都明显区别于汉族的，原先居住于内地的信仰伊斯兰教的穆斯林人群，这些穆斯林大多数来自陕西、甘肃两省。
三、二十世纪以来日本的清代新疆史研究
日本东洋史学根基深厚，治清史和治满学者辈出。他们很早就注意到清朝治下的国家具有族群与文化的多元性，强调用多层次、多侧面的视角进行观察；注重对汉文、满文及其它有关民族语言门类的掌握，以求全面驾驭史料，是从老一辈到新生代，一以贯之的学风和传统。治学戒浮躁，戒功利之心，其中体现出来的是对学问本身的敬重与守护。日本清史研究是“东洋史学”框架下中国史研究的一个子类。
日本学者对于新疆的研究着眼点是当地社会的民族、人文、历史、宗教，强调以当地的语言文字史料为基础，兼顾汉文史料，力图使选题和立论尽可能跳出传统的清朝史框架，达到跨地域、跨文化的层次。因此，日本学界强调清朝国家的多元性和清朝统治的多样性，这种共识在明治时代就已经形成。在这样的共识下，逐渐分为“清代史”与“清朝史”两个阵营，两者之间既有区别也有联系。清代史一般是沿袭明清的传统，更多的是从明清史和历代中原王朝的角度来看清代的历史，更偏重于“中国史”视角下的清史；清朝史更多的是注重统治集团的分析，研究一个由满洲人建立的政权在治理国家的时候，所表现出来的异于传统汉族王朝的特点，更偏重于“中央欧亚史”视角下的清史。简言之，一个是更注重治下的国家，一个是更注重统治阶层，二者之间有明显的鸿沟，同时也在努力协同，吸取对方的研究方法和成果。其实，根本不存在一个纯粹由汉人组成的中国和中国历史，如果非要把清朝和中国对立起来，就是把不存在的东西作为对立面，这也是“新清史”的偏误。
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